Giardia intestinalis : Prévalence et caractérisation moléculaire à partir de populations infantiles et adultes dans deux régions différentes de l’Algérie
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Date
2021
Authors
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Publisher
Universite Mouloud MAMMERI Tizi-Ouzou
Abstract
Giardia intestinalis est l'une des causes les plus fréquentes de diarrhée, de douleurs abdominales, de flatulences et de malabsorption induites par les parasites et comprend plusieurs génotypes (assemblages A à H). Dans la plupart des régions d'Afrique, l'épidémiologie moléculaire de la giardiase reste incertaine. Deux études ont été menées, la première menée entre 2012 et 2013 dans la partie Ouest d'Alger qui a porté sur un total de 2054 individus issus des consultations cliniques à titre externe ou pour certains hospitalisés à l'hôpital universitaire Beni-Messous d'Alger. Une recherche microscopique a été réalisée pour identifier les ovules et les parasites entiers. La seconde étude a été réalisée de 2013 à 2018 dans quatre hôpitaux en Algérie. Un total de 119 échantillons fécaux issus de 55 enfants, 37 adultes et 27 individus d'âge indéterminé, révélés positifs vis à vis des parasites intestinaux par microscopie, ont subi des analyses moléculaires par le test PCR en temps réel pour la recherche de l’ADN de Giardia. La caractérisation moléculaire de Giardia a été réalisée par PCR spécifiques à l'assemblage et par PCR utilisant des amorces ciblant le gène du triose phosphate isomérase (tpi). Le taux global d'infection parasitaire dans la première étude était de 28%. Sur un total de 567 échantillons parasitaires positifs, Blastocystis était le plus fréquemment identifié (57.3%), suivi par Endolimax nana (41.0%), Entamoeba histolytica / dispar (19.6%), G. intestinalis (17.1%), Entamoeba coli (13,9%), Chilomastix mesnili (1.0%), Iodamoeba bütschlii (0.7%), Entamoeba hartmanni (0.5%) et Cryptosporidium spp. (0.2%). Les parasites intestinaux étaient généralement plus fréquents chez la population adulte que chez les enfants, à l’exception de Giardia, qui était plus fréquent chez les enfants (P = 0,0001). Le portage de Giardia n’était pas associé au facteur sexe (P = 0.94). En comparaison à d'autres infections parasitaires intestinales, les manifestations cliniques telles que les douleurs abdominales (P = 0.28) et la diarrhée (P = 0.82) n'ont pas été significativement liées à l'infection par Giardia. La seconde étude a montré que 67% (80/119) des échantillons étaient positifs vis à vis de Giardia par le test PCR en temps réel. Sur un total de 48 échantillons PCR en temps réel moyennement-hautement positifs, le génotypage tpi a attribué 22 échantillons à l'Assemblage A et 26 à l'Assemblage B. Les valeurs de seuil de cycle des échantillons stockés dans le bichromate de potassium (2.5%) étaient significativement inférieures à celles stockées dans de l'éthanol (70%) (P <0.001). Contrairement à l'Assemblage A, l'Assemblage B présentait une diversité génétique substantielle et une hétérozygotie allélique. La PCR spécifique à l'assemblage s'est avérée spécifique pour discriminer l'assemblage A ou B, mais pas aussi sensible que le génotypage tpi.
En conclusion, Giardia intestinalis est plus fréquent chez les enfants. Cependant, les symptômes intestinaux ne semblaient pas être plus liés à Giardia qu'à d'autres parasites intestinaux. Nous confirmons que la PCR en temps réel est plus sensible pour la détection de Giardia dans les selles par microscopie, de même, une amplification et un séquençage robuste du gène tpi sont réalisables par le test PCR en temps réel sur des échantillons modérément à fortement positifs. Enfin, cette étude est l'une des rares réalisées en Afrique à fournir des données sur le génotypage de Giardia chez l'homme. Les deux assemblages A et B étaient couramment observés et non-associés à des données sociodémographiques spécifiques.
Description
925F. : ill. ; 30cm. + CD Rom.
Keywords
Giardia intestinalis, Epidémiologie moléculaire, Hétérozygotie, Donnée sociodémographique
Citation
Biotechnologie microbienne - Microbiologie